Katedra matematiky je součástí fakulty od jejího vzniku v roce 1952, kdy byla založena nejprve jako společná katedra matematicko-fyzikální a v roce 1953 se osamostatnila. V pedagogické oblasti zajišťuje katedra výuku základních kurzů matematiky pro všechny studenty ČZU. Ve vědecko-výzkumné činnosti se pracovníci katedry zaměřují především na základní výzkum v matematice, ale stranou pozornosti nezůstávají ani otázky aplikací matematiky. Základní výzkum se orientuje především do oblasti algebry, matematické analýzy a didaktiky matematiky. Na Katedře matematiky působí v algebře skupina předních celosvětově uznávaných matematiků, kteří publikují v renomovaných časopisech a pravidelně organizují mezinárodní konference. Další pracovníci katedry se zaměřují na problémy v matematické analýze a didaktice matematiky.